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Ich konnte bislang alle meine Updates über den automatischen Updater installieren. Solltest du eine Meldung bekommen mit "Waiting for executable to become accessible... Timed out - exiting... Waiting for executable to become accessible... Restarting Phoenix..." dann könnte dir evtl. mein gestriger Tutorialbeitrag helfen: http://www.rtfly.com/erguesse/erguss/phoenix-rc-updater-problem/
BTW: Ich wusste auch nicht wie ich die phx Dateien manuell installieren könnte... Aber nachdem der Updater funktionierte wars prima, denn dann wurden die Programmupdates einfach geladen und konnten installiert werden.